Mokyklos vėliava telkia mokyklos bendruomenę bendrai veiklai.
Tai 1:2 m stačiakampis geltonos spalvos audeklas. Jame atsispindi mokyklos emblemos elementai: juoda spalva pavaizduota atversta knyga ir plunksnakotis, sudarantys stilizuotą skrendantį paukštį, ir užrašas „Žeimių mokykla“.
Geltona – tai saulės, šviesos, išminties troškimo spalva, juoda – gimtosios žemės spalva.
Mokyklos vėliava yra saugoma mokyklos istorijos muziejuje. Su ja skelbiama mokslo metų pradžia ir pabaiga, vėliava naudojama mokykloje organizuojamų iškilmingų renginių metu.